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Par rapport au microscope confocal, le biphoton est plus adapté aux échantillons épais et diffusants. En effet, le sectionnement optique intrinsèque et l'excitation généralement dans le proche infrarouge limitent la diffusion dans les tissus. Il est donc possible d'atteindre des profondeurs d'imagerie plus importantes qu'en microscopie monophotonique ainsi qu'un photoblanchiment et une phototoxicité moindres. Certaines molécules telles que le collagène et autres molécules non centrosymétriques peuvent être visualisées sans aucun marquage en exploitant les propriétés de l'optique non linéaire (génération de seconde harmonique).
Ce type d’équipement est disponible sur les plateformes suivantes :
Microcell (IAB)
PIC (GIN)
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