Analyse d'images

L'analyse est une étape indispensable pour extraire des informations d'images multi-dimensionnelles. Le réseau ISDV permet d'accéder à un ensemble d'expertise et d'outils pour visualiser, segmenter, quantifier les images. Ci-dessous une liste des outils principaux utilisés sur nos plateformes :

Noms des outils	Descriptif	Disponibilité
Logiciel Amira	reconstruction et rendu 3D+T, capture d’image ou de films segmentation, tracking, calcul de champs de déformation 3D possibilité d’export des données analysées vers Matlab	Disponible au LIPhy
Modèle de segmentation U-Net	Un réseau de neurones convolutionnel de type U-Net a été mis en place pour la segmentation d'images.	Disponible au LIPhy
Fiji	Fiji est une distribution de l'incontournable logiciel Image J qui encapsule de nombreux plugins utiles pour l'analyse d'images scientifiques.	Libre
Ilastik	Basé sur des algorithmes d'apprentissage machine, Ilastik permet de segmenter, classifier, compter des cellules ou autres objets, de façon interactive.	Libre
Blender	Logiciel extrêmement complet de modélisation, d'animation et de rendu 3D	Libre
Imaris	Logiciel d'analyse d'images et de visualisation 3/4D dédié aux images de microscopie	Disponible au GIN

Noms des outils

Descriptif

Disponibilité