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Le principe du microscope électronique à transmission repose sur l'utilisation d'électrons comme source de "lumière" et de lentilles électromagnétiques pour concentrer et projeter le faisceau d'électrons. La capacité résolutive de ces électrons dépend de leur longueur d'onde, plus les électrons sont accélérés, plus leur longueur d'onde est courte et plus le faisceau est résolutif. Ainsi, nous utilisons une tension de 80 000 volts pour accélérer les électrons dans un microscope électronique à transmission standard. Pour que la trajectoire de ces électrons ne soit pas perturbée par les atomes présents dans l'air (O2, N2, H2, CO2 , H2O...), la colonne du microscope est sous vide.
Pour imager des échantillons biologiques, il faut d'abord réaliser une préparation complexe de telle sorte que l'échantillon supporte le vide, et qu'il soit suffisamment contrasté pour distinguer la morphologie cellulaire et surtout pour qu'on puisse obtenir des coupes ultrafines d'environ 60 nm. En effet, ces coupes seront insérées dans la colonne du microscope et nous observerons alors les électrons qui traverseront l'échantillons et qui généreront un photon sur un scintillateur. Les électrons dont la trajectoire aura été déviée par des métaux lourds ne seront pas visualisés, ce qui permet d'obtenir du contraste.
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