Un logiciel libre pour du FRET facile et quantitatif

Mesurer le signal rapporté par des biosenseurs fluorescents reposant sur le principe de transfert d’énergie FRET (Förster Resonance Energy Transfer) est complexe avec un microscope classique de fluorescence. En effet, il faut mesurer l’intensité de fluorescence dans trois canaux différents et corriger les biais inhérents à cette technique. Pour cela, la méthode QuanTI-FRET avait proposé un protocole pour calibrer l’ensemble du dispositif expérimental et prouvé une mesure absolue du signal FRET [1]. Cette calibration s’appuyait sur des étalons de FRET dont l’obtention s’est révélée potentiellement fastidieuse.

Nous proposons de tirer parti de propriétés intrinsèques de ces biosenseurs pour calibrer directement à partir des images d’intérêt et d’éviter l’étape supplémentaire avec les étalons de FRET. L’application de cette idée d’autocalibration est démontrée dans un article scientifique [2]. Pour permettre à toutes les équipes de recherche de profiter de cette méthode simplifiée et toujours quantitative, nous avons créé un code d’analyse en Python publiquement disponible [3] mais aussi sous forme d’un plug-in pour le logiciel libre de microscopie Napari [4]. La méthode est donc utilisable sans aucune connaissance de Python, elle simplifie à la fois le protocole expérimental et l’analyse des biosenseurs FRET tout en conservant des résultats non biaisés et quantitatifs.

Plus d'informations sur la page web dédiée.

[1] A. Coullomb, C. M. Bidan, C. Qian, F. Wehnekamp, C. Oddou, C. Albigès-Rizo, D. C. Lamb & A. Dupont. QuanTI-FRET: a framework for quantitative FRET measurements in living cells. Sci. Rep. 10, 6504 (2020)

[2] J. Leblanc, A. H. Lombard, A. Saumureau, S. Costrel, J. Revilloud, A. Coullomb & A. Dupont. Live-cell quantitative FRET imaging made simple by autocalibration in QuanTI-FRET. Eur. Phys. J. E 48, 74 (2025)

[3] https://gricad-gitlab.univ-grenoble-alpes.fr/liphy/quanti-fret

[4] https://napari-hub.org/plugins/quanti-fret.html